26 czerwca 1969 roku weszła w życie nowa organizacja uczelni wyższych, w efekcie której istniejąca dotąd Zespołowa Katedra Historii została przekształcona w Instytut Historii. Pierwszym dyrektorem Instytutu został ówczesny rektor UŚ prof. Kazimierz Popiołek. Początkowo w ramach IH istniały dwa zakłady: Historii Starożytnej i Średniowiecznej (kierował nim przybyły z Uniwersytetu Łódzkiego znawca epoki Jagiellonów prof. Stefan Maria Kuczyński) oraz Historii Nowożytnej i Najnowszej (na czele stanął prof. Jan Pachoński).